現在の本堂は2004年に再建されました。
御本尊は釈迦牟尼佛如来像がご安置されております。
釈迦牟尼佛如来像に向かって左側の、像の背に乗る普賢菩薩像は、普遍の法門つまり仏の理性を示す尊像で、仏の菩提をかたくななまでに守る姿を現しており、向かって右側の獅子の背に乗る文殊菩薩像は、知恵を司るといわれる尊像であります。
この二体の仏像は雲晴寺の墓地に長年生えてきた樹齢数百年の桐の木を使い掘られ、新本堂建設の時に建立されたものであります。
昭和二十年七月七日の大空襲により、雲晴寺の伽藍で唯一残ったのが中央の山門です。この山門は元禄十三年（一七〇〇）に当山第四世玉盤工雪大和尚により再築されました。その後享和年間（一八〇一～一八〇三）に第十二世魯山黒龍大和尚が補修を加えられました。
このことは第十七世覺巌實明大和尚が山門の棟板に記されており、第二十五世悟道幸雄大和尚が平成四年に山門修復された時に発見されました。（平成の修復以前の山門はもう少し高さが有り、扉が閉まる造りでした）
戦災により多くの宝物や重要書籍などが焼けてしまったなかで、数少ない大切な資料であります。歴史が移り変わるなかで、ここに立ち続ける山門は雲晴寺の歴史を脈々と感じられます。
両側の金剛力士像は、令和二年（二〇二〇）の建立で、お寺の繁栄を願う第二十六世悟照幸導大和尚に共感された施主様が、両親の供養の為、住職の晋山結制式に合わせて寄進されたものです。
従来の山門も補強され、仁王門として改修されました。（新型コロナウイルス感染症の流行により式は令和三年に延期）
金剛力士像（仁王像）
里見忠義夫人（桃源院）は、夫忠義の33回忌にあたる承応3年（1654）に、高野山奥之院近くに忠義のために五輪塔を建てました。雲晴寺に現存する里見忠義の石碑もこの時に建立されたとみられます。雲晴寺には里見忠義夫人（桃源院）、里見忠義娘（圓光院）の供養塔もあります。また高野山にも1652年に圓光院の供養塔が、1661年に桃源院の供養塔がそれぞれ建てられ、里見忠義親子の供養塔が3つ並んで建てられています。
初代明石藩主、小笠原忠真は元和4年（1618）年より明石川東岸に新しい城と城下町を建設しました。雲晴寺は、この時建設された明石城武家屋敷の東側、「大蔵門」の東（外堀の外）に位置し、周囲の三ヶ寺とともに、城下町東部における寺町を形成していました。
この明石の城下町は小笠原忠真の客分であった宮本武蔵が設計し、城内の庭園設計も行ったことが記録に残っています。雲晴寺にも武蔵作の庭園がありましたが、戦争の爆撃により傷んだ庭は戦後の復興事情により埋められてしまいました。しかし、平成15年（2003）の新本堂建設に伴う発掘調査により、池の一部と「護岸を伴う島」の一部、その島へ渡るための「石橋」が確認され、広い庭園であったことが明らかとなりました。現在は元の庭をいかしながら復元しています。
柴任三左衛門（しばとうさんざえもん）は江戸時代前期の剣客です。熊本藩の出身で、宮本武蔵が開いた「二天一流」の三代目でもあります。つまり武蔵の孫弟子です。柴任は余生を明石で過ごしたとの記録は研究者らの調べによりわかっていましたが、長年、墓所がわかりませんでした。しかし、雲晴寺は阪神大震災後に倒れた墓の整備とともに無縁墓を整理しました。その無縁墓の中に妻の墓石とともにあることを平成20年に県立図書館の方が発見しました。戒名は固岳道隨居士です。雲晴寺は宮本武蔵作の庭があることから、師慕い晩年の地に明石を選んだと十分に考えられます。
平成7年の阪神大震災にて倒壊し、平成8年に新しく落慶された稲荷堂です。訪れる皆様に幸福が訪れますようにと、幸運稲荷と名付けられました。
愛知県豊川市にある通称豊川稲荷で親しまれる妙厳寺より分霊されました鎮守・豊川吒枳尼真天（とよかわだきにしんてん）をお祀りしております。
毎年2月に初午祭が営まれており、檀信徒や商売をされている方などの家内安全、身体健全、商売繁盛等を祈念いたしましての祭礼であります。
山門を入ってすぐ左手に、台座の上に立つ地蔵菩薩像があります。花崗岩製で、高さ約1.5mの舟形光背面に浮彫りされ、左手に宝珠、右手に錫杖を持っています。これは江戸時代前期のもので、地蔵菩薩像として非常に貴重なものであります。
子宝地蔵としても親しまれており、子宝のご縁を結ぶといわれるお地蔵様です。
8月の地蔵盆には約1000人ほどの子どもさんや地域の方々がお参りに来られます。
平成4年に山門と一緒に落慶されました。大広間や応接室などがあり、各種法要・行事の待合室、休憩所や各種総会でご利用いただいております。
当山の墓地入ってすぐの所に厳粛に建つ永代供養墓『慈雲』は平成25年10月に建立されました。納骨塔上に釈迦牟尼仏如来像が安置されています。
永代供養墓｢慈雲｣は宗旨・宗派は問わずどちら様でも申込みになれるお墓です。
くわしくは永代供養墓のご案内ページをご覧ください。
雲晴寺境内には通常の墓地がございます。ご希望の方には永代借用していただけます。ただし、通常墓地は当山と檀家契約を結んでいただく必要がございます。
曹洞宗の方に限らせていただきます。
他宗派からの改宗は可能です。
毎年維持費等が必要になります。
永代借用料は1区画の大きさ（霊地）により異なります。
